サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

「生成・入出力 > ドキュメント > カスタムドキュメント」をクリックし、
カスタムドキュメントの生成ダイアログでルートパッケージを指定する。
この手順で作成したカスタムドキュメントが、EAを再読み込みすると消えてしまう。


○回答

弊社環境でご指摘の現象が再現いたしました。
開発元に確認・修正を依頼します。
ご迷惑をお掛けし、申し訳ございません。


お手数をお掛けし申し訳ございませんが、下記方法で回避をお願いできますでしょうか。


◆回避方法1：ルートパッケージ以外を指定する

「生成・入力」リボンを利用し、カスタムドキュメントを作成される際は
「カスタムドキュメントの生成」ダイアログでルートパッケージ以外の
パッケージを指定する。


◆回避方法2：付属ドキュメントを利用する

下記ページ「ドキュメント要素・付属ドキュメントの利用」の手順で
カスタムドキュメントを作成する。

手順につきましては、下記ページをご参考になるかと思われます。

Enterprise Architect 16.0/16.1 日本語版 ヘルプ
カスタムドキュメントの新規作成
https://www.sparxsystems.jp/help/16.0/create_cust_doc.html


引き続きご迷惑をお掛けし、申し訳ございません。

この問題は、バージョン16.1 ビルド1623で修正され
ルートパッケージ直下に、カスタムドキュメントが作成されないように
改善されました。

ご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。